北京农学院围绕首都新农村建设建立了组织保障机制、人才培养机制和科技研究推广机制。
北京农学院担负着为首都经济社会发展服务特别是为郊区经济发展提供人才支持和智力支撑的重任。学校将服务首都新农村建设视为提高学校办学水平、增强综合实力的难得机遇，从制度入手，建立和完善服务新农村建设的组织保障机制。
为此，学校党委下发了“北京农学院服务社会主义新农村建设的实施意见”，成立了服务新农村建设领导小组，党委书记、院长担任组长，主管科研和教学的副院长担任副组长，成员包括科研处、组织部、宣传部、教务处及有关各系党政一把手。每年年初，领导小组确立年度重点工作折子工程，单位一把手为第一责任人。成立专业的服务新农村建设职能单位在全国农业高校具有自己的特色。制定《北京农学院教师服务新农村建设工作量考核实施细则》，建立健全教师服务首都新农村建设的跟踪评价和建立激励机制。对服务首都新农村建设的教师分为三个层面，即科技兴农、教育兴农、宣教兴农，充分发挥每一个教师的优势和特长，并纳入教师的年度考核。组织部已形成一套较为完整的组织、管理、落实、考核和监督机制。
结合首都都市型现代农业的特点，构筑在校生人才培养新机制。主动适应首都和社会经济发展的需要，以提高教学质量为核心，以调整专业结构和拓展新专业为重点，以改革教学内容与课程体系为切入点，努力构筑复合型、应用型的人才培养机制。为此，学校构建了植物科学学科群等体现都市型现代农业发展的五个学科群；通过现代生物技术、信息技术和管理技术改造提升传统专业，不断丰富充实学生的知识层面；通过建设和发展校内外实践教学基地，构建了“实践教学四年不断线”的实践教学体系，培养学生实践能力和创新能力。构筑了多层次的农村人才培养机制。先后实施完善了“1+1+X”科技培训工程体系和大学生“村官”培训体系。此培养模式2006年度被北京市委组织部评为组织工作创新三等奖，被北京市科委、北京市科协列入2007年度在全市重点推广的农民培训模式。
建立推广教授制度，实现学校研究成果的有效转化。确定了推广教授和教师驻村镇“挂职”的工作机制。选聘经验丰富、水平较高的教授为推广教授，携技术下乡，与地方结合，共同组成现代农业适用技术推广队伍。2007年，在推广教授陈学珍为组长的专家组指导下，种植彩色红薯比种植常规红薯同比增收30%以上。小麦育种专家组在密云进行冬小麦旱作扩大实验，种植范围从2005年200亩扩大到2007年的6500亩。创新农业科技推广模式，促进学校科学技术研究的开展，从而更好地服务新农村建设。建立了“一系带一镇”、“一系带一村”等模式，这一模式使学校科技推广工作更具有针对性，科学研究更具有实用性。植物科学系在市农业局、民进北京市委、市农委等支持下，组织专家教授在门头沟龙泉务村建设生态园，其山野菜等功能性蔬菜技术开发取得了阶段性成果，并推动第二阶段生态园的建设。
同时，确立了以服务门头沟区龙泉镇龙泉务村、昌平区兴寿镇、平谷区大华山镇苏子峪村、延庆县四海镇、延庆县康庄镇、房山区张坊镇等六大基地建设为服务新农村建设工作重点，并充分发挥基地的示范效应，加快科学研究的力度。北京农学院园林系专家在四海花卉基地指导东方百合无病毒种球生产的同时，完成了百合种球脱毒技术成果，并把该技术应用到实际生产中，从而取得了240万的经济效益。目前，四海镇的花卉种植面积已达到3050亩，占全镇耕地面积的30%。
