复杂检索 学校首页 投稿

孙宏贺:在行中思,在思中行

时间:2013-11-14 作者:学生记者 韩雪 蒋微微 来源: 浏览:

    孙宏贺,男,2005年毕业于南开大学生命科学学院生物科学专业,2006至2009年在北京华大基因、北京基因组研究所参加工作,从事微生物基因组相关生物信息分析工作,2010年开始在北京农学院植物科学技术学院攻读蔬菜学硕士研究生,于2013年6月毕业并取得硕士学位,期间(2012年6月至2013年3月)作为交流学生在美国康奈尔大学BTI植物研究所费章君博士实验室研修,学习生物信息学分析,具有生物学、农学(蔬菜学)和生物信息学的跨学科背景。硕士在读期间相关课程成绩优秀,学位课平均成绩班级第一,硕士毕业论文被推荐为北京农学院优秀毕业论文。

在即将硕士毕业之际,我校研究生孙宏贺在《自然·遗传学》上作为并列第一作者发表了论文Thedraft genome of watermelon ( Citrulluslanatus) and resequencing of 20 diverseaccessions,影响因子高达35.5。在微观而充满神秘的生物学研究领域中,孙宏贺带着执着的信念和兢兢业业的态度不断努力着,将自己的青春和热情谱写在基因图谱中,他说如今的一点成绩是为了更好地开始,他将继续带着“行中思、思中行”的理念不断前行。

稳扎稳打  万丈高楼平地起

本科毕业后的孙宏贺先后在北京华大基因及北京基因组研究所工作,从事以第一代测序技术为基础的生物信息学分析。平日里的孙宏贺不怕麻烦,以做研究的态度对待工作,在学会如何实现一个分析方法的同时,还要探究方法原理,弄清楚为什么这个分析应该如此实现。经过对组装及基因注释等生物信息学分析的深入研究,他熟悉地掌握了Sanger测序技术相关的数据分析方法,这为他之后的科研工作奠定了扎实的基础。

为了应对科学技术和实验方法的快速更新换代,孙宏贺不断给自己充电,2012年他前往美国康奈尔大学交流学习,在不断的探索学习后,掌握了基于下一代测序(NGS)数据的生物信息分析方法,不仅能熟练完成基因组从头组装、转录组差异表达基因分析、基因组重测序数据遗传差异比较分析等序列分析工作,还能够应用R语言进行相关生物统计分析工作,同时接触了一部分数据库构建工作内容。在关注手头分析工作的同时,孙宏贺也尽量利用良好的学术环境,参与学习学术讲座,了解同事的研究内容,通过借鉴别人的研究成果和经验来拓宽视野、解放思维。回国后,他不仅将先进的实验技术应用到科研创新中,还将“思中行、行中思”的理念带到研究中去,为一些问题的解决提供切实可行的方法。

从无到有  第一张西瓜基因组序列的问世

生物信息学是孙宏贺擅长的领域,它是从海量数据中挖掘生物学意义的必要支撑。随着大量基因信息产出的积累,系统、规模化的基因研究能够为局部的精细研究指引方向,快速确定出少量、可靠的候选研究对象,节省局部研究工作量,为全基因组水平提供研究依据。在基因组学研究的重心由基因组的结构向基因的功能转移的后基因组时代中,生物信息学起着至关重要的作用。

在北京农学院攻读硕士学位的日子里,孙宏贺主要的研究方向是西瓜等蔬菜作物的生物信息学分析,这个工作繁杂而困难,但经过孙宏贺的努力钻研,他成功地为西瓜全基因组精细图谱绘制、西瓜基因组进化分析提供了生物信息学分析支持,并作为西瓜基因组论文的并列第一作者在国际顶级学术刊物《自然·遗传学》上发表专业论文,影响因子高达35.5。

精诚合作  一个好汉三个帮

整个西瓜基因组计划研究项目由许勇老师带领,在多名研究人员共同参与下完成。孙宏贺所在的整个团队分工明确,互帮互助。项目首先由许老师以及其他几位老师一起完成文章的整体设计,再将具体研究内容细致划分成很多部分,包括基因组的测序组装注释、进化以及重测序分析、RNA-Seq数据分析、果实品质性状分析、抗病基因分析、果实发育分析等等。接下来根据个人擅长领域分配任务,孙宏贺就负责其中的组装评价、进化相关分析以及品质性状的相关分析。

在休息时间,团队的组员会将各自的研究进展进行交流,为其他研究者的实验提供可靠的数据来源和理论支持。每个人都将自己的热情与精力投入到这场“战争”中去。经过大家的不懈努力,付出得到了回报。他们不仅得到了西瓜基因组高质量的序列图谱,还通过与包含野生变种在内的20个西瓜种质资源重测序数据的比较,鉴别出在驯化过程中受到强烈选择的基因组区域,这些区域与果实颜色、风味以及果实大小等经济性状有关,为后续的基因定位提供线索。同时发现部分疾病抗性基因在驯化中丢失,这为西瓜抗病研究提供参考,有很大的经济适用价值和生物学意义,为后续的进一步发展指明方向。

宁静致远  做生活和理想的主宰者

每个实验的成功都是建立在无数次失败之上,实验初期由于孙宏贺对组装工作了解不够,而学术上需要对组装结果做一个质量评估。这使孙宏贺犯了难,于是他决定“取经”,他立马起身前往深圳学习了一个多月,同时参考当时发表的可可基因组文章,最后给出了一个可行的评估方式和结果。

面对从未接触过的重测序数据多样性的分析,孙宏贺也采取同样的方法,不过这次他先从网上查阅相关的基本理论,查完网络信息后,再翻看文献,看前人是怎么使用的,为此许老师还专门带他去中国农业大学向赖锦胜老师请教,在边学边做、边做边学中摸索过来。

“对于做科研来说,有了新的分析需求之后,去找参考文献,了解原理,实现分析,这个过程是必不可少的阶段,同时也是它的魅力所在。解决问题的办法只有与人交流,不断努力,不断提高。”孙宏贺说,“哪里不会就多向人请教,哪里不如人就少睡觉,总有超越别人的一天。”简单朴实的话中却道出了研究者对待科研持之以恒的精神。

对于孙宏贺来说,他之前的岁月几乎都是在校园中度过,“我想做科研,但还必须养家糊口吃饱饭,后一样是责任,不能放下,前一样是理想,不想放下,唯一的办法就是静下心来把科研工作做好。”他这样评价自己的生活和理想。他知道,这两者在他的生命中同等重要,缺一不可,如果想要两者同样出色,那么就需要用自己的出色交换,付出加倍的努力。面对现在大学生普遍存在的浮躁现象,他给出了简单而坚定的回答:“宁静方可致远”。未来科研和生活的路上,他将继续带着“行中思、思中行”的理念不断前行。